Harta genetică a utilității clinice pentru sindromul sarcinii - actualizare 2015 - European Journal of
Subiecte
Actualizare pentru: European Journal of Human Genetics (2011) 19, doi: 10.1038/ejhg.2011.45; publicat online la 16 martie 2011
1. CARACTERISTICILE BOLII
1.1 Denumirea bolii (sinonime)
Sindromul CHARGE (asocierea CHARGE, sindromul Hall - Hittner).
1.2 Numărul OMIM al bolii
1.3 Denumirea genelor analizate sau a segmentelor ADN/cromozomi
1.4 Numărul OMIM al genei (genelor)
1.5 spectrul mutației
Variante predominant heterozigote cu nucleotide unice care afectează funcția proteinelor (44% prostii, 34% deplasare cadru, 11% sit de îmbinare și 8% lipsă). Mai puțin de 5% ștergeri sau microdelecții ale întregului exon de 8q12.1, inclusiv CHD7 (//www.chd7.org/). 1
1.6 Metode de analiză
Secvențierea tuturor exonilor codificatori, inclusiv limitele CDH7 ale acestora prin secvențierea Sanger, ca parte a unui panou de gene vizate pentru sindroamele mendeliene sau prin secvențierea întregului exom. 2 MLPA care acoperă majoritatea exonilor codificatori, inclusiv 5'UTR și primul exon necodificator al CHD7. 3 tabel CGH în cazuri selectate. Citogenetica convențională este de obicei normală. Translocările punctului de întrerupere prin CHD7 au fost raportate întâmplător. 1
1.7 Validarea analitică
Analiza secvenței detectează> 99% din variantele de nucleotide (unice) prezente în zona de studiu. Pentru tehnicile de secvențiere paralelă, rata fals negativă depinde de acoperirea genei cu panoul sau platforma utilizată. MLPA are o sensibilitate estimată de> 90% pentru exonii individuali și> 95% pentru ștergerile care acoperă mai multe sonde.
1.8 Frecvența estimată a bolii (incidența la naștere (prevalența la naștere) sau prevalența în populație)
Prevalența la naștere = 1: 15.000-17.000. 1
1.9 Dacă este cazul, prevalența în grupul etnic al persoanei chestionate
În prezent nu există dovezi ale unei prevalențe diferite între grupurile etnice.
1.10 Setări de diagnosticare
Nu se aplică.
2. CARACTERISTICILE TESTULUI
2.1 Sensibilitate analitică
(proporția testelor pozitive dacă genotipul este prezent)
Depinde de metoda utilizată. Dacă se efectuează numai secvențierea CHD7, ștergerile sunt omise. La mai puțin de 5% dintre pacienți, sindromul CHARGE se datorează exonului întreg sau delețiilor de gene întregi. 3, 5 Dacă secvențierea Sanger este combinată cu MLPA, sensibilitatea este de aproape 100%. Pentru tehnici de secvențiere paralelă, sensibilitatea analitică depinde de acoperirea genelor din panou sau de platforma utilizată.
2.2 Specificitatea analitică
(proporția testelor negative dacă genotipul nu este prezent)
Specificitatea analitică este de aproape 100%. Unele variante pot fi interpretate greșit ca provocând boli. Un algoritm pentru interpretarea variantelor de sens a fost publicat de Bergman și colab. 6
2.3 Sensibilitate clinică
(proporția testelor pozitive dacă boala este prezentă)
Sensibilitatea clinică poate depinde de factori diferiți, cum ar fi vârsta sau istoricul familial. În astfel de cazuri, ar trebui să se facă o afirmație generală, deși cuantificarea se poate face numai de la caz la caz.
Sensibilitatea clinică depinde de criteriile clinice utilizate. La mai mult de 90% dintre pacienți care îndeplinesc criteriile Blake și colab. 7 sau Verloes și colab. 8, se găsește o variantă cauzatoare de boli. 9 La 30% până la 60% dintre persoanele suspectate de sindrom CHARGE, se găsește o variantă cauzatoare de boli. Sindromul CHARGE 1, 10 poate fi adesea exclus dacă un pacient nu îndeplinește criteriile clinice și nu poartă o boală care provoacă varianta sau deleția CHD7.
Variabilitatea clinică a sindromului este considerabilă. Dacă diagnosticul se bazează pe Blake și colab. 7 sau Verloes și colab. 8 criterii, unele persoane cu sindrom CHARGE vor fi ratate. Specificitatea clinică a acestor criterii este de aproximativ 85%, deoarece 14 până la 17% dintre pacienții cu o variantă care cauzează boala CHD7 nu îndeplinesc pe deplin aceste criterii. 4 Bergman și colab. 6 criterii definite pentru testul de screening CHD7 și au arătat că, dacă aceste criterii au fost utilizate, riscul de a nu oferi testul unui pacient cu o variantă care cauzează boala CHD7 a fost extrem de scăzut. 4 Dar, trebuie luat în considerare faptul că sfârșitul spectrului fenotipic moale este încă în expansiune. Rețineți că unii pacienți cu mutații CHD7 se potrivesc și cu un diagnostic de sindrom Kallmann. La capătul mai ușor al spectrului fenotipic, pacienții cu variante care cauzează boala CHD7 pot prezenta hipogonadism hipogonadotrop cu unele caracteristici minore suplimentare ale sindromului CHARGE. 11, 12, 13
Anumite afecțiuni pot imita sindromul CHARGE: sindrom de deleție 22q11.2, combinație VACTERL, mutații SOX2, disostoză mandibulofacială, tulburări cromozomiale (de exemplu, deleții 3p12p21.2), p21.2: p12-> qter) și un fenotip similar cu CHARGE. Am J Med Genet 1997; 69: 413–417. "Href =/articles/ejhg201515 # ref14 aria-label =" Reference 14 "data-track = click on data-track-label = link> 14 tulburări cauzate de teratogeni (de exemplu, diabetul matern, Accutane) și sindromul Kallmann 13