Microbiota și IBD; FMC-HGE

obiective educaționale

  • Cunoașteți componentele microbiotei
  • Cunoașteți conceptele de eubioză și disbioză
  • Cunoașteți implicarea microbiotei în geneza IBD
  • Cunoașteți modalitățile de modificare a microbiotei în scopuri terapeutice

Testează-te

Cuvinte cheie: microbiota intestinală, boală inflamatorie cronică a intestinului

Invitație vorbitor

Link-uri de interes
Invitație/vorbitor de doctorat:
Abbvie, Astellas, Biocodex, Danone, Hospira-Pfizer, Janssen, MSD, Ferring Pharmaceuticals, Takeda. Invitație JD/vorbitor: Biocodex, Danone, PiLeJe, Janssen, Enterome, MaaT Pharma, Indigo Therapeutics
Invitație PhS/vorbitor:
taxe de la Takeda, Merck MSD, Biocodex, Ferring, Takeda și Abbvie

Cunoașteți componentele microbiotei

Termenul de microbiota este folosit pentru a desemna toate microorganismele prezente într-un ecosistem (bacterii, arheologie, drojdii, ciuperci, viruși, bacteriofagi). Diferă între nișele din tractul digestiv datorită condițiilor ecologice (presiuni de selecție) impuse asupra acestuia (pH, concentrații de oxigen, acizi biliari, substanțe nutritive etc.) [1]. De asemenea, există diferențe la același nivel al tractului digestiv între lumenul intestinal, mucusul superficial și mucusul profund care concentrează secrețiile antibacteriene din intestin, cum ar fi IgA sau defensinele [1]. Aici descriem în principal microbiota fecală, cea mai cunoscută și care, chiar dacă este mai îndepărtată de celulele umane decât cea a mucusului, are legături dovedite cu fiziologia, sănătatea și bolile.

Tabelul I. Microorganisme importante în microbiota intestinală și locul lor în filogenie *
(există markeri moleculari pentru a recunoaște într-un eșantion de scaun sau membrană mucoasă specii de bacterii, dar și genuri sau filuri)

Asocierile microbiene ale bacteriilor, arheilor, ciupercilor (micobiomul) ... nu sunt rezultatul întâmplării, ci dimpotrivă co-aparițiile și competițiile sunt guvernate de legi ecologice (concurență, simbioze, lanțuri trofice ...). La fel ca în multe alte trăsături, oamenii sunt foarte asemănători, dar unici atunci când vine vorba de microbiota lor. Dacă alegem instrumentele potrivite, fiecare individ poate fi recunoscut prin microbiota sa. Cu toate acestea, recunoaștem un număr mic de microorganisme comune celor mai mulți oameni sănătoși care constituie un „nucleu” microbian și aranjamente de microbiote care seamănă unul cu altul, care au fost denumite „enterotipuri” și sunt încă discutate. [1, 2] Instrumentele moleculare pentru studierea microbiotei (multe sonde moleculare) identifică unele filuri, altele genuri microbiene, altele specii și există chiar sonde specifice tulpinii. Abordările de secvențiere în masă oferă profiluri la aceste niveluri diferite de taxonomie. Acestea oferă o mulțime de posibilități cercetătorilor de a explora ecosistemul, dar, este adevărat, complică puțin înțelegerea lucrării de către medici (vezi tabelul I).

Până în prezent, aceste cunoștințe nu sunt utilizate în practica clinică zilnică, iar instrumentele de descriere ecologică validate sunt disponibile doar cercetătorilor. Ofertele comercializate de măsurători de microbiote calitative sau cantitative („profiluri microbiene”) nu sunt, pentru moment, interpretabile într-o manieră suficient de fiabilă și nu se bazează pe standarde și referințe validate care garantează reproductibilitatea și comparabilitatea acestora.

La fel, rezultatele măsurătorilor metaboliților fecali ai microbiotei (acizi grași cu lanț scurt, de exemplu) sunt (printre altele) atât de influențați de condițiile de prelevare și extracție încât interpretările kiturilor comerciale sunt cel mai adesea foarte artefacte (nu folosiți oricare dintre kiturile oferite).

Cunoașteți conceptele de eubioză și disbioză

Gazda trăiește, în general, în bună armonie cu microbiota sa, ale cărei funcții (purtate de compoziție) îi sunt favorabile (eubioză). În timpul bolilor, se pot observa anomalii în compoziția microbiotei (inițial li s-a dedicat termenul de disbioză) justificând cercetarea pentru a stabili dacă pot avea utilitate de diagnostic sau prognostic (bioindicatori) sau chiar semnificație patogenă [1]. Există trei tipuri de anomalii compoziționale în timpul disbiozei: un exces de patobioniți (microorganisme potențial dăunătoare), o lipsă de microorganisme benefice și pierderea structurii ecosistemului (în special restricționarea biodiversității și/sau a bogăției microbiene). Simpla prezență a unui agent patogen nu este suficientă pentru a defini disbioza și există, de exemplu, purtători sănătoși de Clostridium difficile sau Salmonella care secretă toxine.

Biodiversitatea și bogăția microbiană sunt caracteristici ecologice care sunt în general favorabile menținerii stabilității unui ecosistem, deoarece ajută la rezistența și rezistența acestuia (revenirea la starea anterioară) în caz de perturbare. Dimpotrivă, instabilitatea, biodiversitatea scăzută și sărăcia microbiană sunt de obicei observate în timpul disbiozei. După definiția inițială bazată pe compoziție și structură, în prezent se consideră că disbioza este o defalcare a simbiozei microbiotă-gazdă [1, 3].

Anumite abateri în compoziția microbiotei asociate cu boli sau situații sunt atât de caracteristice încât putem folosi termenul de semnături. Suntem aproape de a recunoaște astfel de semnături în IBD și în colangita sclerozantă primară [4, 5]. În ceea ce privește toți candidații la bioindicatori, aceste semnături trebuie validate pe populații independente de subiecți bolnavi și sănătoși, iar capacitatea lor de a discrimina boala trebuie testată împotriva unor situații patologice semnificative pentru clinician. Așteptăm, de exemplu, să vedem dacă semnăturile ar ajuta la diferențierea bolii Crohn colonice pure de UC fără ca rezultatele studiului să fie dificil de interpretat prin prezența în studiul subiecților cu boala Crohn a intestinului subțire.