Didier Raoult; Oleg Mediannikov; IHU

Studiul microbiotei umane și cultura bacteriilor fastidioase

Echipa 1 UMR D-258, Microbi, Evoluție, Filogenie și Infecție (MEPHI)
Universitatea Aix-Marseille (AMU), Institutul de Cercetare pentru Dezvoltare (IRD)

bacteriilor fastidioase

Liderii echipei:
Membri
  • BREGEON Fabienne
  • DAVOUST Bernard
  • EDOUARD Sophie
  • LAGIER Jean-Chirstophe
  • MERHEJ Vicky
  • MILIOANE Matei

1. Strategie științifică și proiecte

Cultura rămâne un element esențial în toate cercetările în microbiologie și boli infecțioase (5). Astfel, pe lângă creșterea repertoriului bacteriilor din microbiotă, culturomica a permis diverse aplicații. Pe de o parte, unele dintre aceste bacterii noi au fost detectate în laboratorul nostru clinic de microbiologie în situații de infecții (6). Pe de altă parte, unele tulpini din colecția noastră cultivate de culturomică au fost utile pentru proiectele dezvoltate de o echipă de la Institutul Gustave Roussy în activitatea lor privind relația dintre microbiotă și eficacitatea tratamentelor imunomodulatoare pentru cancer (7).

  • Microbiota și nutriția

Nutriția este un factor determinant major al microbiotei umane. Echipa noastră a studiat mai întâi legăturile dintre microbiota afectată și obezitate. Pentru prima dată am arătat o scădere a arheilor metanogeni, a Bifidobacterium incluzând B. animalis și Lactobacillus casei în obezitate (8). Aceste 2 specii (L. casei, B. animalis) sunt deosebit de relevante în nutriție deoarece sunt cele 2 specii comercializate cel mai adesea ca probiotice în lume. În schimb, am constatat că o specie de Lactobacillus: L. reuteri, a fost asociată cu obezitatea (8).

Studiul modificărilor microbiotei în malnutriția acută severă ne-a permis să evidențiem pierderea microbilor anaerobi și a arheilor metanogene (9). Am reușit să raportăm acest lucru la o modificare a condițiilor fizico-chimice din tractul digestiv, cu o creștere a potențialului redox (oxidarea conținutului digestiv). Este posibil ca această oxidare, probabil asociată cu un deficit de antioxidanți în dietă și responsabilă de stresul oxidativ, să provoace o pierdere ireversibilă a anumitor microbi digestivi benefici pentru copil. În al doilea rând, am identificat ce bacterii s-au pierdut de microbian Culturomics și am propus un cocktail probiotic de 13 specii conținând 5 bacterii lactice (Bifidobacterium adolescentis, Lactobacillus parabuchneri, L. perolens, L. vaccinostercus și Weisselle confusa), dar și anaerobe producătoare de butirat ( 10). Acest cocktail ar putea fi propus numai pentru tratamentul cazurilor de malnutriție acută severă refractară la regimul terapeutic.