Facilitatea de servicii NIG NGS pentru genomică integrativă - Institutul de genetică umană

Dr. Gabriela Salinas
Șef al NIG
[email protected]

Jacqueline Fink
Asistent tehnic
[email protected]

Susanne Luthin
Asistent tehnic
[email protected]

Facilitatea de servicii NGS pentru genomică integrativă (NIG) este o facilitate de servicii științifice a Centrului Medical Universitar Göttingen (UMG) și ancorată la Institutul de Genetică Umană. Susținem cercetarea biomedicală în domeniul genomicii, transcriptomicii și epigenomicii prin implementarea analizelor genomice utilizând secvențierea de generație următoare (NGS) și aplicarea tehnicilor de microarray. Oferim experiența noastră de mulți ani, o infrastructură de ultimă generație și procese bine gândite. De asemenea, lucrăm la dezvoltarea de noi tehnologii, pe care apoi le stabilim ca un serviciu.

Oferim utilizatorilor noștri un serviciu complet de laborator format din preparate de ARN/ADN, analize de calitate, pregătirea eșantionului pentru secvențierea profundă și analize de microarray și, dacă este necesar, îi sprijinim și cu un sprijin statistic și bioinformatic extins de la concepția proiectului proiectului până la analiza datelor experimentale.

Consultanța și serviciile noastre științifice sunt deschise grupurilor de cercetare UMG și partenerilor de cooperare universitară și non-universitară, pe baza partajării costurilor.

Supravegherea tehnică a facilității de servicii revine directorului Institutului de Genetică Umană, Prof. Bernd Wollnik. Conducerea facilității de servicii revine Dr. Gabriela Salinas.

Am fi bucuroși să vă oferim expertiza noastră pentru o primă consultație și/sau să vă pregătim o ofertă.

Servicii și echipamente

misiune

a lua legatura

Publicații

Servicii și echipamente

Serviciul nostru complet include discuția inițială cu privire la proiectarea proiectului, pregătirea eșantionului, efectuarea analizelor moleculare și furnizarea datelor generate pentru evaluare ulterioară (generarea de date first-pass).

Servicii

Planificarea proiectării proiectului

Un experiment de succes bazat pe NGS necesită o proiectare atentă a unui plan de proiect detaliat în prealabil. Scopul nostru este de a obține materiale de înaltă calitate și relevanță statistică printr-o configurare optimă. De exemplu, clarificăm următoarele întrebări cu utilizatorii noștri:

Care este întrebarea/ipoteza experimentului?
Cum se poate traduce cel mai bine această întrebare într-o configurare statistic relevantă și rentabilă?
Care este scopul exact al experimentului?
Ce tip și număr de eșantioane sunt necesare pentru a obține un rezultat robust?
Cum se obțin aceste probe?
Ce metodă de extracție ARN/ADN este potrivită?
Cum poate fi păstrată integritatea ARN/ADN?
Ce platformă/tehnologie ar trebui utilizată?

Secvențierea generației următoare

Secvențierea de generație următoare (NGS) este un proces de mare viteză care permite secvențierea rapidă a perechilor de baze în probe de ADN sau ARN. Întrebările pentru care tehnologia NGS poate fi utilizată sunt diverse. Acestea necesită teste bazate pe ADN și ARN și sunt destinate să detecteze modificări genomice majore (de exemplu, modificări ale numărului de copii), precum și modificări ale nucleotidelor individuale. Sunt de asemenea posibile și necesare analize de expresie genică, detectarea modificărilor epigenetice și analize moleculare prin teste de metilare a ADN-ului. NGS stimulează descoperirea și permite viitorul medicinei personalizate.

Microarrays

Gama noastră de servicii include o gamă largă de aplicații bazate pe microarray. Folosind două platforme (Agilent și Affymetrix), sprijinim utilizatorii noștri în special în efectuarea experimentelor de microarray pentru analiza expresiei genomului, matrice de exoni, analize miARN, teste de genotipare, matrice CGH și matrice SNP.

Analiza datelor/bioinformatica

Ajutăm la planificarea conceptului experimental, analiza datelor, pregătirea datelor în imagini publicabile și interpretarea rezultatelor analizei și recomandăm analize suplimentare, dacă este necesar. Acceptăm o mare varietate de aplicații bazate pe NGS, atât cu pachete software publicate, cât și interne. Generarea datelor include verificarea calității și opțional filtrarea și tăierea datelor. Analiza datelor include controlul calității cuprinzător, cartografiere, citire sumă/apelare SNP, vizualizare date, statistici, adnotare funcțională și interpretare a datelor.

Dacă procedurile standard sunt deviate de la protocoalele de laborator sau analiza și vizualizarea statistică, putem acționa pe o bază de cooperare.

Mobilier

Avem echipamente de ultimă generație, de înaltă performanță, pentru o implementare rentabilă și eficientă în timp a unei largi varietăți de analize.

Secvențierea unei singure celule

Fluidigma sistemului C1

Automatizarea NGS și controlul calității probelor

Pregătirea eșantionului automat de urmărire a următoarei generații a lui Beckman Coulter

misiune

Am fi bucuroși să vă facem o ofertă personală. Pentru o comandă de analiză, vă rugăm să ne trimiteți documentul completat prin e-mail la [email protected].

Condițiile cadru stabilite în reglementările utilizatorului și conceptul de funcționare se aplică implementării analizelor solicitate.

a lua legatura

În mod ideal, contactați-ne cât mai curând posibil în proiectul dvs. În acest fel, putem lucra împreună pentru a dezvolta o strategie optimă care să răspundă nevoilor analizelor la nivel de genom.

Persoana dvs. de contact

Dr. Gabriela Salinas
Șef al NIG

Depunerea probelor

Vă rugăm să trimiteți mostrele dvs. la:

Dr. Gabriela Salinas
NGS-Genomică integrativă (NIG)
Centrul Medical Universitar Göttingen (UMG)
Justus-von-Liebig Weg 11
37077 Goettingen

Publicații NIG

2015 și mai devreme

Efectele pe termen lung ale empagliflozinei asupra cuplării excitației-contracției în cardiomiocitele cu celule stem pluripotente induse de om
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S.
J Mol Med 2020 9 oct. [Epub înainte de tipărire]

Translatomul neuronului motor dezvăluie dereglarea SYNGR4 și PLEKHB1 în modelele de scleroză laterală amiotrofică TDP-43 mutante
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 iulie: ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Online înainte de tipărire.

Caracterizarea celulelor canceroase de sân circulante cu capacitate tumorigenică și metastatică
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 iulie: e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Online înainte de tipărire.

Repararea intronic CRISPR într-un model preclinic al cardiomiopatiei asociate cu sindromul Noonan
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Nürnberg P, Paul T, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Wollnik B, Cyganek L.
Circulaţie. 2020 6 iulie. Doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.119.044794. Online înainte de tipărire.

Modularea endocitozei mediată de metilarea ADN ca mecanism potențial pentru reglarea funcției sinaptice în interneuronii corticali inhibitori murini
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Gehrmann J, Costa I, Pieler T, Hübner CA, Vatter H, Kampa B, Becker AJ, Zimmer-Bensch G.
Cereb Cortex 2020 1 iunie; 30 (7): 3921-3937. doi: 10.1093/cercor/bhaa009.

Sialilarea IgG Fc este reglată în timpul reacției de centru germinal la imunizarea cu adjuvanți diferiți
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Braumann D, Hobusch J, Kuhnigk K, Krémer V, Steinhaus M, Blanchard V, Gemoll T, Habermann JK, Collin M, Salinas G, Manz RA, Fukuyama H, Korn T, Waisman A, Yogev N, Huber S, Rabe B., Rose-John S, Busch H, Berberich-Siebelt F, Hölscher C, Wuhrer M, Ehlers M.
J Allergy Clin Immunol 2020 20 mai: S0091-6749 (20) 30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

Mutațiile de novo în FBRSL1 provoacă o nouă malformație recunoscută și sindrom de dizabilitate intelectuală
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Hum Genet. 2020 18 mai.

Inhibarea proteinei autofagice ULK1 atenuează degenerarea axonală in vitro și in vivo, îmbunătățește translația și modulează îmbinarea
Vahsen BF, Ribas VT, Sundermeyer J, Boecker A, Dambeck V, Lenz C, Shomroni O, Caldi Gomes L, Tatenhorst L, Barski E, Roser AE, Michel U, Urlaub H, Salinas G, Bähr M, Koch JC, Lingor P
Cell Death Differ 2020 Apr 27. doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub înainte de tipărire]

Diversitatea rezultatelor relevante din punct de vedere clinic care rezultă din radiația hipofractată la celulele stem ale gliomei umane Oglinzi Modele distincte ale modificărilor transcriptomice
Kalasauskas D, Sorokin M, Sprang B, Elmasri A, Viehweg S, Salinas G, Opitz L, Rave-Fraenk M, Schulz-Schaeffer W, Kantelhardt SR, Giese A, Buzdin A, Kim EL
Cancers (Basel) 2020 1 martie; 12 (3). pii: E570. doi: 10.3390/cancers12030570.

Amoniul acționează sistemic, în timp ce nitratul exercită un efect local suplimentar asupra nodulilor Medicago truncatula
Schulze J, Liese R, Ballesteros G, Casieri L, Salinas G, Cabeza RA
Plant Sci. 2020 Mar; 292: 110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 decembrie.

Prezență crescută și imprimare moleculară diferențială a celulelor amplificatoare de tranzit în psoriazis
Witte K, Jürchott K, Christou D, Hecht J, Salinas G, Krüger U, Klein O, Kokolakis G, Witte-Handel E, Mössner R, Volk HD, Wolk K, Sabat R
J Mol Med 2020 ianuarie; 98 (1): 111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 decembrie.

Activarea mediată de CRISPR a expresiei genei endogene în inima postnatală
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 ianuarie; 126 (1): 6-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 noiembrie.