Secvențierea genomului asiatic al ficatului hepatic un interviu cu M
Disclaimer: Această pagină este o traducere automată a acestei pagini inițial în engleză. Vă rugăm să rețineți, deoarece traducerile sunt generate automat, nu toate traducerile vor fi perfecte. Acest site web și paginile sale web sunt destinate citirii în limba engleză. Orice traducere a acestui site și a paginilor sale web poate fi inexactă și inexactă, în totalitate sau parțial. Această traducere este furnizată într-o practică.
Puteți, vă rog, să faceți o scurtă introducere a flukeului asiatic în ficat, Opisthorchis viverrini ? Cum infectează acest parazit oamenii ?
Opisthorchis viverrini este un vierme plat parazit (sau lovitură de ficat) endemic în toată Thailanda, Republica Democrată Populară Lao, Vietnam și Cambodgia. Oamenii se infectează cu acest parazit atunci când mănâncă o plată înfundată în pești de apă dulce puțin gătită /.
Odată mâncat, stadiul larvelar intră în conducta biliară principală a omului, unde se dezvoltă într-un adult care rămâne în conducta biliară principală timp de câțiva ani. Adulții produc ouăle care trec în scaun, intră în apă dulce și sunt ingerate de o gazdă de melci acvatici.
În interiorul melcului, acești paraziți se dezvoltă într-o etapă disipată, care părăsește melcul și se enchistează în mușchiul peștilor de apă dulce, punând capăt ciclului lor de viață complex.
Estimările actuale sugerează că aproape 10 milioane de persoane sunt infectate cu acești paraziți în sud-estul Asiei.
În principalul canal biliar cauzează opistorhiază umană, viverrini din O., o boală legată de creșterea ficatului, inflamația colagogului și cancerul căii biliare (colangiocarcinom; zona de control a contaminării), un cancer fatal al arborelui biliar, cu un prognostic foarte slab.
Contribuie acest parazit la cancerul căilor biliare ?
Opisthorchis viverrini a fost clasificat drept cancerigen de clasa I. Încă nu știm mecanismele exacte implicate, deși cercetătorii cred că mai mulți factori contribuie la dezvoltarea cancerului.
De exemplu, inflamația gazdei cauzată de deteriorarea celulelor sau de moartea celulelor, atașate la hrănirea cu paraziți și/sau construct, contribuie probabil la carcinogeneză.
Mai mult, dovezile recente sugerează că viverrini din O. secretă proteine care favorizează în mod direct creșterea celulară și dezvoltarea tumorii.
Un alt factor despre care se crede că contribuie la tumorigeneză este deteriorarea ADN-ului cauzată de o dietă bogată în nitrozamine, un puternic cancerigen uman de clasa I. Împreună, acești factori produc „o furtună perfectă”. incidența cancerului căilor biliare.
Recent s-a anunțat că genomul fluturii tensionate asiatice a fost secvențiat. Ce a făcut acest lucru ?
O echipă internațională, incluzând parazitologi și experți în genomică de la Universitatea din Melbourne (Australia), Singapore Genome Institute (Singapore), Khon Kaen University (Thailanda) și Beijing Genomic Institute (China) a fost implicată în secvențierea și adnotarea genomului.
În primul rând, am extras ADN genomic din viverrini din O. și au folosit mașini de secvențializare cu randament ridicat pentru a genera o acoperire de peste 60 de ori a genomului ca mici explozii de secvență. Aceste mici cioburi au fost apoi asamblate în schele genomului. În aceste schele genomice mari, fiecare regiune genică a fost identificată și adnotată.
O serie de instrumente au fost apoi utilizate pentru a prezice funcția fiecărei gene viverrini din O., inclusiv molecule majore legate de metabolism și adaptarea lor la timp în conducta biliară principală a omului.
Care au fost principalele provocări în caracterizarea celui mai mare genom de viermi paraziți studiat până acum ?
Provocarea semnificativă a fost prezența unui număr mare de elemente repetate găsite în ADN-ul genomic al viverrini din O.
De exemplu, doar 3,4% din genom conținea proteinele informaționale de codificare genetică. În schimb, mai mult de 30% din genom conținea elementele curente care se repetă în mai multe locații din genom. Acest set semnificativ a fost provocator.
Din fericire, am putut folosi noul software (numit Opera) care a fost dezvoltat de colaboratorii noștri de la Singapore Genomic Institute.
Folosind opera, am produs un genom de proiect de înaltă calitate pe care l-am folosit pentru a adnota funcțional gena reglată și a obține analize atât de necesare în biologia moleculară principală a acestui parazit, inclusiv identificarea căilor esențiale interacțiuni unite vierme-gazdă.
Ce analiză oferă acest studiu în modul în care supraviețuiește supraviețuirea în conducta biliară principală a omului ?
Studiul nostru a arătat că acești paraziți sunt foarte adaptați să reziste în conducta biliară principală, ducând la stabilirea lor în conducta biliară principală timp de până la 10 ani.
De exemplu, viverrini din O. este adaptat pentru a supraviețui într-un mediu cu conținut scăzut de oxigen și este expert în detoxifierea compușilor dăunători, cum ar fi radicalii liberi de oxigen eliberați în bilă în timpul peroxidării lipidelor.
Profilele metabolice ale acestor paraziți propun, de asemenea, o adaptare pentru a fi hrăniți cu celule epiteliale și/sau constituenți biliari, care sunt bogate în lipide și proteine complexe. Evaziunea răspunsului imun al gazdei este, de asemenea, importantă pentru acești paraziți, mai ales dacă inflamația urmează leziunilor celulare cauzate de hrănire și/sau asamblare. Datele noastre indică faptul că o serie de molecule secretate pot modula răspunsul imun al gazdei.