SYSTOMONAS - o bază de date integrată; biologie; pseudomonas; SYSTOMONAS
pentru analiza biologiei sistemelor lui Pseudomonas Claudia Choi1, Richard Mu nch1, Stefan Leupold1, Johannes Klein1, Inga Siegel1, Bernhard Thielen2, Beatrice Benkert1, Martin Kucklick1, Max Schobert1, Jens Barthelmes2, Christian Ebeling2, Isam Haddad1, Maurice Scheer1,4, Andreas Grote1,3, Karsten Hiller1, Boyke Bunk1, Kerstin Schreiber1, Ida Retter1, Dietmar Schomburg2 și Dieter Jahn1, * 1Institute for Micology, * 1 al Universității Tehnice din Braunschweig, Spielmannstrasse 7, D-38106
Braunschweig, Germania, 2 Institut SYSTOMONAS
- für Biochemie, Universita tzuKo ln, Zu lpicher Straße 47, D-50674 Ko ln, Germany, 3Institut for Bioprocess Engineering, Technical University of Braunschweig, Gaußstraße 17, D-38106 Braunschweig, Germany and4Department of Computer Science, University of Applied Sciences Wolfenbu Tel, Am, D-38302 Wolfenbu Tel, Germania Primit la 11 august 2006; Revizuit și acceptat 5 octombrie 2006 REZUMAT Pentru o platformă integrată de bioinformatică pentru o abordare a biologiei sistemelor a biologiei pseudomonadelor în infecție și biotehnologie
- Baza de date SYSTOMONAS (biologia sistemelor pseudOMONAS) a fost fondată. În plus față de propriul nostru metabolom experimental, proteom și date de transcripție, au fost salvate diferite predicții suplimentare ale proceselor celulare, cum ar fi rețelele de reglare a genelor. Reconstruirea SYSTOMONAS a rețelelor metabolice în SYSTOMONAS a fost făcută prin comparație
genomică realizată. Integrarea largă a datelor este implementată prin intermediul interfețelor de săpun pentru bazele de date Brenda, KEGG și PRODORIC stabilite. Sunt furnizate diverse instrumente pentru a analiza datele stocate de SYSTOMONAS și pentru a vizualiza rezultatele corespunzătoare, care permit o înțelegere rapidă a căilor metabolice, a aranjamentelor genomice sau a structurilor promotorului SYSTOMONAS. Focusul SYSTOMONAS se pune pe pseudomonade și în special pe pseudomonas aeruginosa, un agent patogen uman oportunist. Cu această bază de date, am dori să încurajăm comunitatea seudomonas să elucideze procesele celulare de interes folosind o strategie integrată de biologie a sistemelor. Baza de date SYSTOMONAS este accesibilă la http://www.systomonas.de. SYSTOMONAS au fost motivate în mod tradițional
rețelele metabolice și de reglare a genelor analizate separat. Există diverse instrumente pentru reconstrucția rețelei metabolice [Z. B. (1-3)] și pentru generarea rețelelor de reglare a genelor (4), DH prezice reglarea anumitor gene prin factori de transcripție specifici. Cu toate acestea, există încă doar câteva instrumente care combină ambele rețele, cum ar fi Pathway Tools Omics Viewer (5). Această conexiune slabă între cele două descrise Abordările s-ar putea datora faptului că informațiile necesare Comment comment soin de soi en télétravail sau au bureau sunt stocate în baze de date diferite. Informații despre siturile de legare a factorului de transcripție
pot fi găsite, de exemplu, în regulamentul de biologie
DB (6) sau PRODORIC (7), în timp ce reacțiile metabolice sau căile din alte baze de date precum BRENDA (8), BioCyc (5), KEGG (9), PseudoCyc(10) și UM-BDD (11) trebuie obținute. Combinația de cunoștințe din mai multe discipline și resurse de date va avansa înțelegerea proceselor celulare și va conduce la predicția comportamentului celular în întregime. Ca urmare, am construit baza de date SYSTOMO-NAS, care stă la baza unei abordări a biologiei sistemelor. Aici ne concentrăm pe integrarea datelor pentru grupul de bacterii biologic, biotehnologic și medical relevant
CONȚINUTUL Systomonadei complexitatea unei abordări a biologiei sistemelor necesită concentrarea asupra unui anumit organism bine studiat. Am ales biologia proteobacteriei Gram-negative Pseudomonasaeruginosa. Acest organism este o bacterie versatilă a solului și un important agent patogen oportunist care provoacă infecții persistente la pacienții imunocompromiși (12). Scopul nostru pe termen lung este de a dezvolta un model dinamic care simulează comportamentul infecției cu P. aeruginos. Baza abordării noastre este SYSTOMONAS, o bază de date cuprinzătoare care conține date de la toate nivelurile de analiză, cum ar fi date despre microarray și proteomică, măsurători ale metabolitului biologic, date de secvență, rețele de reglare a genelor și datele enzimatice corespunzătoare. * Cui trebuie să i se adreseze corespondența. Tel: +49 531 391 5801; Fax: +49 531 391 5854; E-mail: [email protected]Ó2006 autorul (autorii) biologie
(ro). Acesta este un articol cu acces liber distribuit în conformitate cu termenii de biologie ai Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.0/uk/) pentru utilizare necomercială, distribuție și reproducere nelimitată în fiecare mediu, cu condiția ca lucrarea originală să fie citată în mod corespunzător.Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, baza de date nr. Pe lângă P.aeruginos relevante din punct de vedere medical, generapseudomonas conține diverse specii importante fitopatogene și biotehnologice și ecologice interesante.