Colita recurentă la Clostridium difficile, singura indicație validată Biocodex Microbiote Institut
Limitate deocamdată la infecția recurentă cu Clostridium difficile, indicațiile pentru transplantul de microbiote fecale (TMF) ar putea fi extinse la alte patologii în care implicația dezechilibrului microbiotei intestinale este acum dovedită.

Se crede că principala cauză a diareei asociate asistenței medicale, colita recidivantă de C. difficile a contaminat peste 450.000 de americani în 2011, inclusiv 30.000 care au murit. În Franța, 1.800 de decese au fost asociate cu infecția cu C. difficile în 20142. Conform estimărilor, 5% din mortalitate este direct atribuibilă acestei tulpini bacteriene la pacienții spitalizați.
Până în anii 1990, colita cu C. difficile era o infecție destul de rară, care nu prezenta un risc special pentru sănătate: tratamentul cu antibiotice era suficient pentru a o depăși. Dar, în 20 de ani, frecvența acestei boli s-a dublat mai mult, în timp ce eficacitatea terapiei cu antibiotice a scăzut, ajungând la o vindecare de doar 20-30% 8,9. În cauză: o creștere accentuată a rezistenței bacteriilor la antibiotice. Abia la începutul anilor 2000 și secvențierea genomului C. difficile pentru a identifica o tulpină deosebit de virulentă, rezistentă la antibiotice și capabilă să producă de peste zece ori cantitatea de toxine secretate în mod normal de această bacterie.