AG Salinas - Institutul de genetică umană

Dr. Gabriela Salinas
Liderul grupului de lucru
[email protected]

Jacqueline Fink
Asistent tehnic
[email protected]

Susanne Luthin
Asistent tehnic
[email protected]

Concentrați-vă

Proiecte

Publicații

Concentrați-vă

Secvențierea cu randament ridicat (Secvențierea următoarei generații, NGS) a devenit între timp ferm stabilită ca tehnologie și este utilizată pentru analize într-o mare varietate de aplicații de cercetare în toate domeniile științelor vieții. Acest lucru se aplică și contextului clinic, în care simplifică diagnosticul și permite abordări terapeutice bazate pe medicina personalizată. În același timp, ridică noi întrebări tehnologice, juridice și etice la care trebuie răspuns.

Scopul grupului nostru de cercetare este de a facilita accesul la cele mai noi și mai moderne tehnologii, metode și platforme NGS și de a sprijini partenerii noștri de cooperare și utilizatorii în drumul lor către rezultate de cercetare fiabile, cu expertiza noastră bioinformatică extinsă.

De asemenea, folosim rezultatele și progresele realizate în proiectele noastre de cercetare pentru a îmbunătăți și extinde continuu resursele și serviciile pe care le oferim în cadrul NIG, facilitatea de servicii NGS pentru genomică integrativă de la Centrul Medical al Universității Göttingen.

Proiecte

Dezvoltarea unei noi platforme scRNA-Seq de la CellenONE X1 și ICELL8

Tehnologiile bazate pe NGS pentru problemele genomice, transcriptomice și epigenomice se concentrează din ce în ce mai mult pe caracterizarea celulelor individuale. Folosind secvențierea cu o singură celulă (SCS), pot fi descifrate populații de celule eterogene complexe și relații de reglementare între tipurile de celule și se poate urmări calea de dezvoltare a subtipurilor de celule specifice dintr-un țesut. Acestea sunt, de asemenea, întrebări esențiale în diferite proiecte ale SFB1002 la UMG, care cercetează modul în care stările de boală, strategiile de tratament și modulațiile vizate afectează diferite populații de celule ale inimii în bolile la om și la modelele animale.

Grupul nostru lucrează la dezvoltarea platformelor pentru NGS cu o singură celulă, cu scopul de a îmbunătăți izolarea celulelor unice, adică primul pas critic. Prin utilizarea CellenONE X1 pentru izolarea celulelor, obținem o distribuire de celule cu eficiență ridicată (aproape 100%), rata de supraviețuire ridicată, precizie ridicată, cu un randament ridicat și cu o bună documentare și vizualizare a celulelor izolate.

Pentru un randament ridicat, celulele individuale de la CellenONE X1 sunt distribuite pe o placă cu 5184 godeuri de la Takara, placa ICELL8 cu sau fără indexarea etichetei în funcție de crearea bibliotecii necesară (complet automatizată). Trei protocoale diferite sunt disponibile pentru scRNA-Seq: a) o abordare bazată pe capătul 3 ', b) o abordare pentru mRNA-Seq de lungime completă și c) o abordare totală RNA-Seq cu tehnologia SMART de la Takara . Sistemul permite implementarea metodelor de secvențiere a ADN, precum și a bibliotecilor bazate pe Nextera (ATAC-Seq).

Direct RNA-Seq folosind tehnologia Oxford Nanopore

Secvențierul MinION este un secvențier portabil de citire lungă. După mai multe actualizări, precizia secvențierii sale este acum de peste 90%, iar numărul preconizat de citiri pe celulă de flux este de câteva sute de mii pe celulă de flux. Lungimea de citire a fost, de asemenea, îmbunătățită și atinge acum o lungime de citire N50 de peste 100 kb. În prezent testăm utilizarea MinION pentru RNA-Seq cu o celulă de flux R7.3 MionION și pentru RNA-Seq cu o singură celulă cu celule de flux R7.3 și 9.4.

Secvențierea ARN in situ cu păstrarea informațiilor spațiale

Această tehnică este o abordare inovatoare care oferă informații despre transcriptomii cu celule unice sau expresia genelor foarte multiplexate pentru analiza țesuturilor sau a specimenelor clinice (biopsii) fără a fi nevoie de protocoale de disociere a țesuturilor. Aceasta reprezintă o revoluție tehnologică, în special pentru cercetarea clinică.

Protocoale în unitate

În prezent sunt stabilite următoarele protocoale:

Izolarea nucleului pentru ARN-Seq (SNS) cu un singur nucleu pentru ICELL8
Izolarea nucleară pentru ARN-Seq (SNS) cu nucleu unic pentru 10 x genomică
Abordări ale ARN-ului total unicelular Seq

Tehnici de învățare profundă pentru studii de asociere a transcriptomului și a dinamicii sistemelor în morfogeneza țesuturilor

În această inițiativă, oamenii de știință din teoria informației, neuroștiințe teoretice, transcriptomică și biologie celulară și a dezvoltării lucrează împreună pentru a combina pentru prima dată datele imagistice și de expresie și astfel înțeleg relațiile dintre expresia genică în celulele individuale și comportamentul grupurilor de celule. Scopul este de a automatiza reconstrucția dinamică a țesutului din date de imagistică live la scară largă utilizând învățarea profundă pentru identificarea în timp real a celulelor individuale în punctele cheie ale embrionului și analiza transcriptomică a acestora.

Proiectul este finanțat de Ministerul Științei și Culturii din Saxonia Inferioară (MWK) și Fundația Volkswagen ca parte a licitației „Big Data în științele vieții viitorului”.

Comunicatul de presă UMG

KFO 5002 "Caracterizarea și direcționarea dinamicii genomului pentru o terapie specifică subtipului cancerului pancreatic"

Proiectul central CP2

Informații suplimentare despre KFO 5002

SFB 1002 "Unități modulatoare în insuficiența cardiacă"

Centrul de cercetare colaborativă (SFB) 1002, finanțat de DFG, își propune să înțeleagă mai bine detaliile și relațiile implicate în boala răspândită a insuficienței cardiace („insuficiență cardiacă”). Scopul cercetătorilor SFB este de a dezvolta noi metode pentru un tratament mai eficient al insuficienței cardiace. Pentru a face acest lucru, ei examinează căile de semnal selectate care stabilesc comunicarea între diferitele celule din inimă și cele mai mici unități funcționale din celulele inimii, așa-numitele microdomenii funcționale și joacă un rol în dezvoltarea insuficienței cardiace.

Informații suplimentare despre SFB1002

Publicații AG Salinas

2015 și mai devreme

Efectele pe termen lung ale empagliflozinei asupra cuplării excitației-contracției în cardiomiocitele cu celule stem pluripotente induse de om
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S.
J Mol Med 2020 9 oct. [Epub înainte de tipărire]

Translatomul neuronului motor dezvăluie dereglarea SYNGR4 și PLEKHB1 în modelele de scleroză laterală amiotrofică TDP-43 mutante
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 7 iulie: ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Online înainte de tipărire.

Caracterizarea celulelor canceroase de sân circulante cu capacitate tumorigenică și metastatică
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 15 iulie: e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Online înainte de tipărire.

Repararea intronic CRISPR într-un model preclinic al cardiomiopatiei asociate cu sindromul Noonan
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Nürnberg P, Paul T, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Wollnik B, Cyganek L.
Circulaţie. 2020 6 iulie. Doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.119.044794. Online înainte de tipărire.

Modularea endocitozei mediată de metilarea ADN ca mecanism potențial pentru reglarea funcției sinaptice în interneuronii corticali inhibitori murini
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Gehrmann J, Costa I, Pieler T, Hübner CA, Vatter H, Kampa B, Becker AJ, Zimmer-Bensch G.
Cereb Cortex 2020 1 iunie; 30 (7): 3921-3937. doi: 10.1093/cercor/bhaa009.

Sialilarea IgG Fc este reglată în timpul reacției de centru germinal la imunizarea cu adjuvanți diferiți
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Braumann D, Hobusch J, Kuhnigk K, Krémer V, Steinhaus M, Blanchard V, Gemoll T, Habermann JK, Collin M, Salinas G, Manz RA, Fukuyama H, Korn T, Waisman A, Yogev N, Huber S, Rabe B., Rose-John S, Busch H, Berberich-Siebelt F, Hölscher C, Wuhrer M, Ehlers M.
J Allergy Clin Immunol 2020 20 mai: S0091-6749 (20) 30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

Mutațiile de novo în FBRSL1 provoacă o nouă malformație recunoscută și sindrom de dizabilitate intelectuală
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Hum Genet. 2020 18 mai.

Inhibarea proteinei autofagice ULK1 atenuează degenerarea axonală in vitro și in vivo, îmbunătățește translația și modulează îmbinarea
Vahsen BF, Ribas VT, Sundermeyer J, Boecker A, Dambeck V, Lenz C, Shomroni O, Caldi Gomes L, Tatenhorst L, Barski E, Roser AE, Michel U, Urlaub H, Salinas G, Bähr M, Koch JC, Lingor P
Cell Death Differ 2020 Apr 27. doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub înainte de tipărire]

Diversitatea rezultatelor relevante din punct de vedere clinic care rezultă din radiația hipofractată la celulele stem ale gliomei umane Oglinzi Modele distincte ale modificărilor transcriptomice
Kalasauskas D, Sorokin M, Sprang B, Elmasri A, Viehweg S, Salinas G, Opitz L, Rave-Fraenk M, Schulz-Schaeffer W, Kantelhardt SR, Giese A, Buzdin A, Kim EL
Cancers (Basel) 2020 1 martie; 12 (3). pii: E570. doi: 10.3390/cancers12030570.

Amoniul acționează sistemic, în timp ce nitratul exercită un efect local suplimentar asupra nodulilor Medicago truncatula
Schulze J, Liese R, Ballesteros G, Casieri L, Salinas G, Cabeza RA
Plant Sci. 2020 Mar; 292: 110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 19 decembrie.

Prezență crescută și imprimare moleculară diferențială a celulelor amplificatoare de tranzit în psoriazis
Witte K, Jürchott K, Christou D, Hecht J, Salinas G, Krüger U, Klein O, Kokolakis G, Witte-Handel E, Mössner R, Volk HD, Wolk K, Sabat R
J Mol Med 2020 ianuarie; 98 (1): 111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 12 decembrie.

Activarea mediată de CRISPR a expresiei genei endogene în inima postnatală
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 3 ianuarie; 126 (1): 6-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 15 noiembrie.